در این مطلب به رایج‌ترین عوارض جانبی مصرف سرکه سیب می‌پردازیم:
۱- مشکلات معده: سرکه سیب اسیدی است و برخی افراد نمی‌توانند حتی میزان کمی از آن را هم تحمل کنند. اگر از زخم معده، التهاب در دستگاه گوارش رنج می‌برید و یا مستعد بروز دل درد هستید باید از مصرف سرکه سیب خودداری کنید.
۲- تغییر در حرکات روده: سرکه سیب در حقیقت از تخمیر سیب درست می‌شود که شامل پکتین به عنوان یک فیبر محلول است و مانند ژله در دستگاه گوارش عمل می‌کند. این ماده باعث رشد باکتری‌های مفید روده، کاهش التهابات و دفع راحت مدفوع می‌شود. با این حال، زیاده روی در مصرف سرکه سیب اسهال را درپی خواهد داشت.
۳- نامناسب برای کلیه ها: تحقیقات نشان داده است زیاده روی در مصرف سرکه سیب می‌تواند برای کلیه‌ها مضر باشد. اگر از جمله افرادی هستید که از ضعف کلیه رنج می‌برید یا به تازگی عمل پیوند انجام داده اید، بهتر است از مصرف سرکه سیب اجتناب کنید.
۴- نفخ شکم: اگر از جمله افرادی هستید که در دوره قاعدگی از نفخ شکم رنج می‌برید، باید از مصرف سرکه سیب اجتناب کنید. مصرف سرکه سیب فرآیند خالی شدن معده را با تاخیر مواجه می‌کند. این امر بدان معناست که فرد برای مدت بیشتری احساس سیری کرده و همین امر به کاهش وزن کمک می‌کند. با این حال، این موضوع می‌تواند باعث بروز مشکلات دیگر مانند نفخ، گاز معده و حالت تهوع شود.
۵- تشدید رفلاکس معده: کسانی که از بازگشت اسید معده به مری رنج می‌برند باید از مصرف غذا‌های اسیدی اجتناب کنند. سرکه سیب دارای خواص اسیدی بوده و می‌تواند رفلاکس معده را در این بیماران تشدید کند.